Η ΕΚΚΛΗΣΙΑ ΤΩΝ ΣΕΡΡΩΝ

H Ευαγγελική πίστις εικάζεται ότι διαδόθηκε στην περιοχή των Σερρών κατά τις ιεραποστολικές περιοδείες των Αποστόλων Παύλου και Ανδρέου, οι οποίοι εκήρυξαν το Ευαγγέλιο του Χριστού στη Μακεδονία. Τότε, περίπου στα μέσα του 1ου μ.Χ. αιώνος, πιθανόν ιδρύθηκε η πρώτη χριστιανική κοινότητα των Σερρών, όταν ο Απόστολος Παύλος και ο Απόστολος Ανδρέας επισκέφθηκαν στην Μακεδονία τους Φιλίππους και την Θεσσαλονίκη. Συγκεκριμένως, ο Απόστολος Παύλος διερχόμενος κατά την Β ́ και Γ ́ περιοδεία του από την Εγνατία οδό διήλθε τρεις φορές από την ευρύτερη περιοχή των Σερρών. Σύμφωνα με τις Πράξεις των Αποστόλων κατά την Β ́ περιοδεία του Αποστόλου Παύλου (50μ.Χ.), ο μέγας Απόστολος των Εθνών και η ιερά συνοδεία του: «ἀναχθέντες οὖν ἀπό τῆς Τρῳάδος εὐθυδρομήσαμεν εἰς Σαμοθράκην, τῇ δέ ἐπιούσῃ εἰς Νεάπολιν, ἐκεῖθεν τε εἰς Φιλίππους, ἥτις ἐστί πρώτη τῆς μερίδος τῆς Μακεδονίας πόλις κολωνία. Ἦμεν δέ ἐν αὐτῇ τῇ πόλει διατρίβοντες ἡμέρας τινάς…Διοδεύσαντες δέ την Ἀμφίπολιν καί τήν Ἀπολλωνίαν ἦλθον εἰς Θεσσαλονίκην» και κατά την Γ ́ «προσκαλεσάμενος ὁ Παῦλος τούς μαθητάς καί ἀσπασάμενος ἐξῆλθε πορευθῆναι εἰς Μακεδονίαν. Διελθών δέ τά μέρη ἐκεῖνα καί παρακαλέσας αὐτούς λόγῳ πολλῷ ἦλθεν εἰς τήν Ἑλλάδα ̇ ποιήσας τε μῆνας τρεῖς…ἐγένετο γνώμη τοῦ ὑποστρέφειν διά Μακεδονίας…ἡμεῖς δέ ἐξεπλεύσαμεν μετά τάς ἡμέρας τῶν ἀζύμων ἀπό Φιλίππων καί ἤλθομεν πρός αὐτούς εἰς τήν Τρῳάδα».

Ο Αρχιεπίσκοπος Θεσσαλονίκης Ιωάννης στα τέλη του 6ου με αρχές του 7ου αιώνα θεωρούσε ως ιδρυτές της Εκκλησίας της Θεσσαλονίκης και όλης της Μακεδονίας τους δύο Αποστόλους, Παύλο και Ανδρέα, όπως περιγράφεται στο εγκώμιό του για τον πολιούχο της Θεσσαλονίκης άγιο Δημήτριο, παράδοση η οποία επικράτησε καθ’ όλη την διάρκεια της πρώτης χιλιετίας. Σύμφωνα με τους βιογράφους του Αποστόλου Ανδρέου Καλλίστρατο και Επιφάνιο, ο πρωτόκλητος μαθητής διέδωσε τον Χριστιανισμό στις «πόλεις τῆς Μακεδονίας, διδάσκων, παρακαλῶν και ἰώμενος, κτίζων τε ἐκκλησίας καί καθιερῶν θυσιαστήρια και χρίων ἱερεῖς…». Ο Επίσκοπος Τουρ Γρηγόριος, σε έργο που συνέγραψε τον 6ο αιώνα για τα θαύματα του Αποστόλου Ανδρέου, περιγράφει την ιεραποστολική δράση του στους Φιλίππους και στη Θεσσαλονίκη. Τα θαύματα που επιτέλεσε και η φήμη του αγίου διαδόθηκαν ευρύτατα στη Μακεδονία. Φαίνεται μάλιστα ότι επισκέφθηκε και για δεύτερη φορά τους Φιλίππους. Μία ακόμη εκκλησιαστική παράδοση συνδέει την Εκκλησία της Θεσσαλονίκης, της Εφέσου, της Κορίνθου και όλης της Αχαΐας με την χειροτονία ιερέων από τον Απόστολο Ιωάννη τον Θεολόγο και Ευαγγελιστή.

Ακόμη όμως και αν η ίδρυση της τοπικής Εκκλησίας των Σερρών δεν ανάγεται άμεσα στο κήρυγμα κάποιου από τους προαναφερθέντες Αποστόλους, είναι ισχυρό το ενδεχόμενο η πρώτη σερραϊκή χριστιανική κοινότητα να υπήρξε καρπός του θερμού ζήλου και του ζωντανού παραδείγματος των χριστιανών της Θεσσαλονίκης, για τους οποίους ο Απόστολος Παύλος λέγει: «ἀφ ̓ ὑμῶν γάρ ἐξήχηται ὁ λόγος τοῦ Κυρίου ̇οὐ μόνον ἐν τῇ Μακεδονίᾳ καί ἐν τῇ Ἀχαΐᾳ, ἀλλά καί ἐν παντί τόπῳ ἡ πίστις ὑμῶν ἡ πρός τόν Θεόν ἐξελήλυθεν».Από το χωρίο αυτό ο αείμνηστος καθηγητής Κυρ. Παπακυριάκου συμπεραίνει ότι θεσσαλονικείς χριστιανοί κήρυξαν στην περιοχή των Σερρών κατά το δεύτερο ήμισυ του 1ου μ.Χ.αιώνος.

Η πρώιμη προσέλευση των Σερραίων στην χριστιανική πίστη, το αργότερο κατά τη διάρκεια του 2ου μ.Χ. αιώνος, τεκμηριώνεται και από επιτύμβια επιγραφή του έτους 168μ.Χ., η οποία βρέθηκε στο Αηδονοχώρι Σερρών:

ΕΤΟΣ ΙΒΤ/ ΣΤΗΣΑΣ Ω ΠΑΡΟΔΕΙΤ ̓ (sic) / ΙΧΝΟΣ ΠΟΔΟΣ
ΓΝΩΣΗ Μ ̓ Α/ΚΡΙΒΩΣ ̇ ΕΣΘΛΟΣ Ε[Ω]Ν/ ΔΙ ̓ ΟΛΟΥ
ΚΕΙΜΑΙ ΝΕΚΥΣ [Ε]Ν/ΘΑΔΕ ΜΑΡΚΟΣ ̇ ΤΕΘΝΩΣ (sic) /
ΩΣ ΕΤΕΩΝ ΕΚΚΑΙΔΕΚΑ ΕΣ/ ΠΟΛΙΝ ΑΜΗΝ ̇ ΘΑΦΘΕΙΣ
(sic) / ΕΝ ΘΑΝ[ΑΤΩ] ΚΑΣ[Ι]ΓΝΗΤΗΣ/ ΥΠ ̓ ΑΔΕΛΦΗΣ ̇
ΜΑΡΚΙΑΣ/ ΗΤΙΣ ΕΔΩΚΕ ΧΑΡΙΝ ΙΔΙ/Ω ΣΥΝΟΜΑΙΜΩ

Το λεξιλόγιο που χρησιμοποιείται εδώ, και ειδικότερα οι λέξεις «ἀμήν», «ἐσθλός» και «κασιγνήτης», παραπέμπει σε χριστιανική ορολογία και βεβαιώνει την εξάπλωση του χριστιανισμού στην περιοχή.

Περαιτέρω μαρτυρίες για την πρώιμη παρουσία του χριστιανισμού στην ευρύτερη περιοχή των Σερρών μας παρέχουν τα μαρτυρολόγια, τα οποία καταγράφουν ωςμάρτυρες κατά τον διωγμό του Διοκλητιανού (303-304μ.Χ.) τον «πρεσβύτερον τῆς ἐν Ἀμφιπόλει Ἐκκλησίας Μώκιον» (11 Μαΐου),141 καθώς και τους εν Αμφιπόλει μαρτυρήσαντες χριστιανούς Αύκτο, Ταυρίωνα και Θεσσαλονίκη (7Νοεμβρίου).

Μία επιπλέον επιτύμβια επιγραφή κεκοιμημένου χριστιανού, η οποία βρέθηκε στο νάρθηκα του ιερού ναού του αγίου Γεωργίου στην Αμφίπολη, γράφει:

+ΤΟΝ ΚΟΙΝΟΝ ΑΝΘΡΩΠΙΝΟΝ ΒΙΟΝ ΕΥΣΧΗΜΟΝΩΣ/ ΔΙΑΓΩΝ ΔΙΑ ΠΑΝΤΟΣ ΤΗΝ ΕΛΠΙΔΑ+/ ΤΗΣ ΕΩΝΙΟΥ (sic) ΖΟΗΣ (sic) ΙΚΕΤΕΥΣΑΣ ΑΠΟΛΑΒΙΝ (sic) ΠΑΡΑ ΤΗΣ/ ΜΕΓΑΛΗΣ ΚΑΙ ΖΩΟΠΟΙΟΥ ΑΧΡΑΝΤΟΥ ΤΡΙΑΔΟΣ/ ΕΓΩ ΛΙΚΚΩΝ ΕΝΘΑΔΕ ΚΙΜΕ (sic) ΟΡΚΙΖΩ ΟΥΝ/ ΤΗΝ ΕΥΛΟΓΗΜΕΝΗΝ ΤΗΣ ΑΜΦΙΠΟΛΕΙΤΩΝ (sic) / ΑΓΙΑΣ ΕΚΚΛΗΣΙΑΣ ΕΠΙΣΚΟΠΗΝ ΚΑΙ ΤΟΝ ΤΑΥΤΗΣ/ ΘΕΟΦΙΛΗ ΚΛΗΡΟΝ ΚΑΤΑ ΠΑΤΡΟΣ ΚΑΙ ΥΙΟΥ ΚΑΙ ΑΓΙΟΥ ΠΝ(ΕΥΜΑΤΟ)Σ/ ΜΗ ΣΥΝΧΩΡΗΣΕ (sic) ΕΤΕΡΟΝ ΤΙΝΑ ΤΟΥ ΛΟΙΠΟΥ ΤΕΘΗΝΕ (sic) / ΕΝ ΤΟΥΤΩ ΤΩ ΚΟΙΜΗΤΗΡΙΩ ΜΟΥ+

Ο σερραίος ιστοριοδίφης Κυρ. Παπακυριάκου θεωρεί την διατύπωση «τῆς μεγάλης καί ζωοποιοῦ ἀχράντου Τριάδος» ως ένδειξη ότι η επιγραφή ανήκει στον 4ο μ.Χ. αιώνα, κατά τον οποίο καταβαλλόταν προσπάθεια διατυπώσεως του Συμβόλου της Πίστεως, γεγονός το οποίο θα πιστοποιούσε την ύπαρξη Επισκοπής Αμφιπόλεως ήδη από αυτή την περίοδο.

Επίσης, η ύπαρξη κατά τον 5ο με 6ο μ.Χ. αιώνα παλαιοχριστιανικής βασιλικής επ’ ονόματι του μάρτυρος αγίου Θεοδώρου, η οποία επεκτάθηκε κατά τον 11ο αιώνα, και η ανακάλυψη στην πόλη των Σερρών, και μάλιστα στα θεμέλια του σημερινού Επισκοπείου, παλαιοχριστιανικών τάφων διακοσμημένων με πρωτοχριστιανικά σύμβολα, μαρτυρούν αδιάσειστα την ίδρυση της Εκκλησίας των Σερρών στους πρώτους χριστιανικούς αιώνες.

Σύμφωνα με τον Συνέκδημο του Ιεροκλέους, έργο των μέσων του 6ου αιώνος, η περιοχή των Σερρών κατά την πρώιμη βυζαντινή περίοδο υπαγόταν στις διοικήσεις της Θεσσαλονίκης και των Φιλίππων. Στην επαρχία της Μακεδονίας Α ́, η οποία είχε πολιτική και εκκλησιαστική έδρα την Θεσσαλονίκη, υπάγονταν περισσότερες από τριάντα πόλεις, οι οποίες ήταν πιθανόν και έδρες τοπικών επισκοπών. Με βάση τις ιστορικές πηγές μαρτυρείται η συμμετοχή του Επισκόπου Σερρών Μαξιμίνου ή Μαξιμιανού στην ληστρική Σύνοδο της Εφέσου το 449 μ.Χ., ενώ λίγο αργότερα, το 451 μ.Χ., ο ίδιος επίσκοπος συμμετέχει στις εργασίες της Δ ́ Οικουμενικής Συνόδου, που έγινε στην Χαλκηδόνα, και υπογράφει στα Πρακτικά της ως «ὁ εὐλαβέστατος Ἐπίσκοπος Σερρῶν». Γνωστός επίσης είναι ο Επίσκοπος Σερρών Πρεκτήκιος, από την επιγραφή «ΠΡΕΚΤΗΚΙΟΣ ΕΠΙΣΚΟΠΟΣ ΕΥΞΟΜΕΝΟΣ», που σώζεται σε κιονόκρανο του ιερού Ναού των Αγίων Θεοδώρων Σερρών του 5ου ή 6ου αιώνα, το οποίο εκτίθεται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Σερρών.

Σύμφωνα με την πολιτική διαίρεση της ρωμαϊκής αυτοκρατορίας κατά τους πρώτους βυζαντινούς χρόνους(395 μ.Χ.) σε ανατολικό και δυτικό Ιλλυρικό, η Μακεδονία, καθώς και η υπόλοιπη Ελλάδα, υπαγόταν εκκλησιαστικώς στον Επίσκοπο Ρώμης, ο οποίος εποίμαινε τις επαρχίες του ανατολικού Ιλλυρικού μέσω του βικαρίου του στη Θεσσαλονίκη, η οποία αποτελούσε την έδρα του παπικού βικαριάτου. Όμως η ολοένα και μεγαλύτερη πολιτική, πολιτιστική και πνευματική απομάκρυνση της παλαιάς Ρώμης από την Νέα Ρώμη, που είχε καταστεί από το 330 μ.Χ. πρωτεύουσα της ρωμαϊκής αυτοκρατορίας, αλλά και διάφορες θεολογικές έριδες, όπως η εικονομαχία, οδήγησαν τον εικονομάχο αυτοκράτορα Λέοντα Γ ́ τον Ίσαυρο στην απόφαση (732 μ.Χ.) να συνενώσει εκκλησιαστικώς το ανατολικό Ιλλυρικό με την Εκκλησία Κωνσταντινουπόλεως και να καταργήσει την παπική εξαρχία της Θεσσαλονίκης. Κατ’ αυτόν τον τρόπο συν τω χρόνω διαμορφώθηκε σε νέες βάσεις η πνευματική εξάρτηση της Εκκλησίας των Σερρών από την Μητρόπολη της Θεσσαλονίκης. Ωστόσο, για κάποια ακόμη χρόνια μετά την εκκλησιαστική συνένωση του ανατολικού Ιλλυρικού με την Κωνσταντινούπολη οι Σέρρες εξακολουθούν να υπόκεινται εκκλησιαστικώς στην Μητρόπολη Θεσσαλονίκης.

Στο Τακτικό της Εικονομαχίας (Νotitia 3), το οποίο αποτελεί την μοναδική πηγή για την Εκκλησία των Σερρών, μετά την προσάρτηση του ανατολικού Ιλλυρικού στην δικαιοδοσία του Οικουμενικού Πατριαρχείου το 732-733, η Επισκοπή Σερρών κατέχει την 14η θέση μεταξύ των 19 συνολικώς επισκοπών που υπάγονται στην Μητρόπολη Θεσσαλονίκης. Η Επισκοπή Σερρών από της ιδρύσεώς της έως τον 8ο αιώνα υπαγόταν εκκλησιαστικώς πάντοτε στην Μητρόπολη Θεσσαλονίκης. Με την δημιουργία του θέματος Στρυμόνος, στα τέλη του 9ου με αρχές του 10ου αιώνα, η πρωτεύουσά του υπήρξε και έδρα της ομώνυμης επισκοπής, ο επίσκοπος της οποίας συμμετείχε στην Σύνοδο της Κωνσταντινουπόλεως το 879 μ. Χ..

Στις αρχές του 10ου αιώνος, σύμφωνα με το Τακτικόν (Notitia 7) της εποχής του αυτοκράτορος Λέοντος ΣΤ ́ (886-912) και του Οικουμενικού Πατριάρχου Νικολάου Α ́ του Μυστικού (901-907, 912-925), η Εκκλησία των Σερρών καταγράφεται ως αρχιεπισκοπή και κατέχει την 26η θέση στην ιεραρχική κατάταξη των αρχιεπισκοπών και επισκοπών του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Η προαγωγή της Επισκοπής Σερρών σε αρχιεπισκοπή πρέπει να συνέβη τουλάχιστον έναν αιώνα νωρίτερα, όπως μαρτυρείται σε μολυβδόβουλλο της συλλογής του Ιδρύματος Dumparton Oaks, το οποίο χρονολογείται στο πρώτο μισό του 9ου αιώνος και φέρει το όνομα του Αρχιεπισκόπου Σερρών Γεωργίου. Σε κώδικα της ιεράς Μονής Τιμίου Προδρόμου Σερρών, στον οποίο περιέχεται η βιογραφία του Λέοντος ΣΤ ́ του Σοφού και το Τακτικό του, ο Θρόνος των Σερρών κατέχει την 56η θέση, αναφορά η οποία οφείλεται σε πιθανό λάθος του αντιγραφέα του κώδικα. Κατά τους χρόνους της βασιλείας του αυτοκράτορος Ιωάννου Τσιμισκή (969-976 μ.Χ.) η Αρχιεπισκοπή των Σερρών κατέχει την 27η θέση.

Η Αρχιεπισκοπή Σερρών το 996, επί αυτοκράτορος Βασιλείου του Β ́ (976-1025), προάγεται σε μητρόπολη του Οικουμενικού θρόνου (58η στις Notitiae 12, 13 και 16) με υποκείμενες σε αυτήν επισκοπές και προστίθεται στις άλλες δύο μητροπόλεις που υφίσταντο από τα μέσα περίπου του 8ου αιώνα στη Μακεδονία, αυτές της Θεσσαλονίκης και των Φιλίππων. Μητροπολίτης Σερρών για πρώτη φορά μνημονεύεται στον Συνοδικό Τόμο που εξέδωσε ο Πατριάρχης Σισίνιος (996-999) στις 21 Φεβρουαρίου 997. Εκεί ο Μητροπολίτης Σερρών Λεόντιος προσυπογράφει, μαζί με άλλους 23 μητροπολίτες και 7 αρχιεπισκόπους, Συνοδικές Αποφάσεις που αφορούν στο μυστήριο του γάμου.

Πριν από το 1070 Μητροπολίτης Σερρών είναι ο Γρηγόριος, όπως μαρτυρούν δύο μολυβδόβουλλα του 11ου αιώνα που σώζονται στη συλλογή του Dumparton Oaks. Στην κύρια πλευρά της σφραγίδας απεικονίζεται η μορφή του αγίου Γρηγορίου, η οποία πιθανόν να οφείλεται σε προσωπική επιλογή του Μητροπολίτου Σερρών, ενώ στην δευτερεύουσα η μία σφραγίδα φέρει τον τίτλο του Μητροπολίτου Σερρών, ενώ η άλλη «Μητροπολίτης Σερρῶν καί σύγκελλος». Η δεύτερη σφραγίδα είναι προφανώς μεταγενέστερη της πρώτης. Ο Μητροπολίτης Γρηγόριος φαίνεται ότι είχε άμεση πρόσβαση στην αυτοκρατορική αυλή της Κωνσταντινουπόλεως καιανήκε στον κατάλογο των φιλόδοξων Μητροπολιτών του 11ου αιώνα, οι οποίοι είχαν αποκτήσει και τον τίτλο του συγκέλλου.

Ένα χρόνο αργότερα, το 1071, Μητροπολίτης Σερρών είναι ο Στέφανος, το όνομα του οποίου υπό την γραφή «[Κ(ύρι)ε] βοήθ(ει) [τῷ] σῷ δούλῳ Στεφάν(ῳ) μοναχ(ῷ)» αναγράφεται στην πρόσθια όψη μολυβδοβούλλου δίπλα στην μορφή του ολόσωμου αγίου Δημητρίου, ενώ στην οπίσθια πλευρά υπάρχει η επιγραφή «καί μιτροπολίτῃ (sic) Σερῶν (sic)», δίπλα στην μορφή του ολόσωμου με δόρυ αγίου Θεοδώρου. Η απεικόνιση των στρατιωτικών αγίων Δημητρίου και Θεοδώρου σχετίζεται αφ’ ενός με την έκφραση σεβασμού προς τον στρατηλάτη πολιούχο της Θεσσαλονίκης και προστάτη της Μακεδονίας γενικότερα και αφ’ ετέρου με τον Μητροπολιτικό Ναό των Σερρών, ο οποίος από τον 6ο αιώνα τιμάται στη μνήμη του δευτέρου. Ο Μητροπολίτης Σερρών Στέφανος ήταν θείος του μετέπειτα Μητροπολίτη Ηρακλείας Νικήτα και μορφωμένος ιεράρχης εκείνης της εποχής. Το μολυβδόβουλλο αυτό σώζεται στη Μονή Ιβήρων.

Από ένα μολυβδόβουλλο της συλλογής του Νομισματικού Μουσείου Αθηνών πληροφορούμαστε ότι Μητροπολίτης Σερρών διετέλεσε ο Θεόδωρος, ο οποίος είχε παραστεί στις Συνοδικές εργασίες της περιόδου από 2 έως 6 Μαρτίου 1166 και μάλλον ταυτίζεται με τον Θεόδωρο Μαντζούκη που αναφέρεται ως Μητροπολίτης Σερρών σε παρισινό κώδικα. Η οικογένειά του συνδεόταν με τον αυτοκράτορα Μανουήλ Α ́ Κομνηνό. Από ένα ακόμη μολυβδόβουλλο της συλλογής Dumbarton Oaks ταυτοποιείται ως Μητροπολίτης Σερρών ο Ιωάννης, ο οποίος συμμετέχει στις Συνοδικές πατριαρχικές εργασίες που διεξήχθησαν στις 22 Νοεμβρίου 1191 και στις 8 Ιανουαρίου 1192. Τα δύο αυτά μολυβδόβουλλα φέρουν στην κύρια όψη, αυτό μεν του Ιωάννη την παράσταση των στρατιωτικών αγίων Γεωργίου και Θεοδώρου, ενώ του Μητροπολίτου Θεοδώρου τους αγίους Θεοδώρους. Μετά τον 12ο αιώνα στην εκκλησιαστική δικαιοδοσία του Μητροπολίτου Σερρών υπάγονται οι Επισκοπές Ζιχνών, Νικοπόλεως (Νευροκοπίου) και Εζεβών.

Κατά την φραγκοκρατία (1204-1206, 1208-1221) στις Σέρρες εγκαταστάθηκε λατίνος αρχιεπίσκοπος ονομαζόμενος Αρνούλφος, ο οποίος με το τέλος της φραγκοκρατίας (1221) αποχώρησε, και εξελέγη ο ορθόδοξος Μητροπολίτης Γοριανίτης.

Τον 13ο αιώνα, επί αυτοκράτορος Μιχαήλ Η ́ Παλαιολόγου (1260-1282), η Μητρόπολη Σερρών κατέχει την 19η θέση, ενώ κατά τους χρόνους των αυτοκρατόρων Ανδρονίκου Β ́ Παλαιολόγου (1282-1328) και Ανδρονίκου Γ ́ Παλαιολόγου (1328-1341), η Μητρόπολη των Σερρών από την 58η θέση που βρισκόταν μετατοπίζεται στην 46η θέση. Ο σερραίος ιστορικός μελετητής Γ. Καφταντζής δίνει την πληροφορία ότι σε Τακτικό απροσδιόριστης εποχής που περιέχεται σε νομοκάνονα ο οποίος χρονολογείται πιθανόν τον 17ο αιώνα η Εκκλησία των Σερρών κατέχει την 28η θέση και ο Μητροπολίτης Σερρών αποκαλείται στη φήμη του «υπέρτιμος και έξαρχος πάσης Μακεδονίας». Το 1700 η Μητρόπολη Σερρών κατέχει την 27η θέση, στα τέλη του 19ου αιώνα την 24η θέση και αργότερα την 28η θέση στην ιεραρχική τάξη των μητροπόλεων.

Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν κατά τους χρόνους αυτούς τα γεωγραφικά όρια των μητροπόλεων, τα οποία συχνά μεταβάλλονται για λόγους οικονομικούς, διοικητικούς, δημογραφικούς, πολιτικούς κ.λπ.. Τον Φεβρουάριο του 1329, επί Οικουμενικού Πατριάρχου Ησαΐα και αυτοκράτορος Ανδρονίκου Γ ́ Παλαιολόγου, αποσπάσθηκε από την Μητρόπολη Σερρών η Επισκοπή Ζιχνών, η οποία προήχθη σε μητρόπολη. Στην Μητρόπολη Σερρών τότε προσαρτήθηκε η Επισκοπή Νικοπόλεως (Νευροκοπίου), η οποία μέχρι τότε υπαγόταν στη Μητρόπολη Φιλίππων. Το 1334 η Επισκοπή Νικοπόλεως μεταβιβάζεται στον Μητροπολίτη Μελενίκου, ενώ το 1371 στην Μητρόπολη Σερρών προσαρτάται η Επισκοπή Τραϊανουπόλεως. Σύμφωνα με προφορική παράδοση η Επισκοπή Μελενίκου υπαγόταν από ικανού χρόνου στην Μητρόπολη Σερρών. Το 1371 η Μητρόπολη Φιλίππων δίδεται «κατ’ επίδοσιν» στον Μητροπολίτη Δράμας, ενώ λίγα χρόνια αργότερα, το 1375, η Δράμα προσαρτάται στην Μητρόπολη Αίνου και η Μητρόπολη Φιλίππων δίδεται στον Μητροπολίτη Σερρών. Με Συνοδική Πράξη τον Φεβρουάριο του 1395 η Μητρόπολη των Φιλίππων, καθώς βρίσκεται σε παρακμή και παραμελημένη από την Μητρόπολη Σερρών, δίδεται στον Μητροπολίτη Αίνου και Πρόεδρο Δράμας.

Η σερβοκρατία στις Σέρρες (1345-1371) επηρέασε αναπόφευκτα και την τοπική Εκκλησία, η οποία περιήλθε στην δικαιοδοσία του Αρχιεπισκόπου Πεκίου, που διόρισε σ’ αυτήν τουλάχιστον τρεις σέρβους μητροπολίτες. Ο κράλης της Σερβίας Στέφανος Δουσάν αυτοανακηρύχθηκε βασιλεύς και αυτοκράτορας των Σέρβων και των Ρωμαίων στις Σέρρες και μεταξύ Ιανουαρίου και Απριλίου του 1346 συγκάλεσε Σύνοδο στα Σκόπια, όπου αυτοβούλως ανεκήρυξε ως Πατριάρχη της Σερβίας και των εδαφών που κατέκτησε τον Αρχιεπίσκοπο Πεκίου Ιωαννίκιο, ο οποίος στις 16 Απριλίου τον έστεψε αυτοκράτορα. Στην εκκλησιαστική διοίκηση του Πατριαρχείου Σερβίας υπήχθησαν προσωρινώς και οι Σέρρες από το 1346 έως το 1368. Ενώ αρχικά ο Δουσάν δεν ήταν αρνητικός έναντι των ελλήνων μητροπολιτών των περιοχών που κατέκτησε, μετάτην ανάρρηση του Ιωάννη Καντακουζηνού στον θρόνο του Βυζαντίου, με την ένταση στις σχέσεις των δύο κρατών που επακολούθησε, αντικατέστησε τους έλληνες μητροπολίτες με σέρβους.

Μετά τον θάνατο του σέρβου Πατριάρχου Ιωαννικίου το 1354, η Σύνοδος του Πατριαρχείου Σερβίας που συνήλθε στις Σέρρες, εξέλεξε, κατόπιν προτάσεως του σέρβου βασιλέως Στεφάνου Δουσάν, στον σερβικό πατριαρχικό θρόνο τον Σάββα, ο οποίος άσκησε τα καθήκοντά του μέχρι τις 27 Μαΐου του 1375.

Εν τω μεταξύ η Ιερά Σύνοδος του Οικουμενικού Πατριαρχείου καθαίρεσε τον Οικουμενικό Πατριάρχη Κάλλιστο Α ́ (1350-1353) και στο πατριαρχικό αξίωμα ανήλθε, κατόπιν παρεμβάσεως του αυτοκράτορος Ιωάννου Καντακουζηνού, ο μέχρι τότε Μητροπολίτης Ηρακλείας Φιλόθεος Κόκκινος (1347-1353). Στην περίοδο που ακολούθησε, ο σέρβος ηγεμόνας των Σερρών Ιωάννης Ούγκλεσης επεδίωξε να συμμαχήσει με τους Βυζαντινούς προκειμένου να αντιμετωπίσουν από κοινού τους προελαύνοντες Τούρκους. Για το λόγο αυτό πρότεινε στον Οικουμενικό Πατριάρχη Φιλόθεο Α ́, οι Σέρρες και οι υπόλοιπες μητροπόλεις που είχαν αποσπασθεί βιαίως και αντικανονικώς από το Οικουμενικό Πατριαρχείο και είχαν υπαχθεί στην Εκκλησία της Σερβίας να επανέλθουν στην πνευματική δικαιοδοσία του Πατριαρχείου της Κωνσταντινουπόλεως. Για το σκοπό αυτό ο Ούγκλεσης απομάκρυνε από τις Σέρρες τον σέρβο Μητροπολίτη Σάββα, ο οποίος δεν ήταν σύμφωνος με την πρότασή του, και όρισε ως τοποτηρητή της Μητροπόλεως Σερρών τον Μητροπολίτη Αχριδών Γρηγόριο. Αυτός ήλθε στις Σέρρες για να συνομιλήσει με τον εκπρόσωπο του Οικουμενικού Πατριάρχη, τον Μητροπολίτη Νικαίας. Ο Μητροπολίτης Γρηγόριος άσκησε τα καθήκοντά του στις Σέρρες μέχρι τον Φεβρουάριο του 1369, παρ’ όλο που από τον Μάρτιο του προηγουμένου έτους είχε ήδη συμφωνηθεί οι μητροπόλεις που είχαν αποσπασθεί από το Οικουμενικό Πατριαρχείο να επανέλθουν στην άμεση εξάρτηση και δικαιοδοσία του.

Η επιστροφή του αυτοκράτορος Ιωάννου Παλαιολόγου στην Κωνσταντινούπολη στις 22 Νοεμβρίου 1354 σήμανε την λήξη του εμφυλίου πολέμου και την παραίτηση του Ιωάννου Καντακουζηνού από τον θρόνο. Στις 10 Δεκεμβρίου ο Καντακουζηνός προσήλθε στην Μονή των Μαγγάνων όπου εκάρη μοναχός υπό το μοναχικό όνομα Ιωάσαφ.

Ο άγιος Νικόδημος ο Αγιορείτης αναφέρει ότι είχε επικρατήσει η άποψη πως οι Σέρβοι δηλητηρίασαν τον Πατριάρχη και μέλη της συνοδείας του. Η άνοδος του Ιωάννου Παλαιολόγου στον αυτοκρατορικό θρόνο είχε ως αποτέλεσμα την απομάκρυνση του Ματθαίου Καντακουζηνού και του Οικουμενικού Πατριάρχου Φιλοθέου Α ́ και την επιστροφή του Πατριάρχου Καλλίστου Α ́ στον Οικουμενικό Πατριαρχικό θρόνο (1354), στον οποίο παρέμεινε μέχρι το τέλος της ζωής του, το 1364.

Το τέλος της διαμάχης μεταξύ του Ιωάννου Παλαιολόγου και του Ιωάννου Καντακουζηνού δεν έφερε και την αναμενόμενη ειρήνη στους κόλπους της βυζαντινής αυτοκρατορίας. Οι Τούρκοι, που είχαν ήδη συμμαχήσει με τον Ιωάννη Καντακουζηνό στα Βαλκάνια, κατέλαβαν την εύφορη περιοχή της ανατολικής Θράκης. Για την αναχαίτιση των επεκτατικών τους σχεδίων ο Ιωάννης Παλαιολόγος ανέθεσε το 1363 στον Οικουμενικό Πατριάρχη Κάλλιστο να μεταβεί στις Σέρρες, προκειμένου να συναντήσει την χήρα του σέρβου βασιλέως Στεφάνου Δουσάν, με σκοπό την επίτευξη ειρήνης με τους Σέρβους και την συμμαχία τους με τους Βυζαντινούς εναντίον του κοινού εχθρού, των Τούρκων. Ο Οικουμενικός Πατριάρχης Κάλλιστος και η συνοδεία του ήλθαν στις αρχές Ιουνίου στις Σέρρες, που βρισκόταν ακόμη υπό σερβική κατοχή, όπου συνάντησαν την σερβίδα ηγεμονίδα Ελένη. Η ξαφνική όμως εκδημία του ματαίωσε τα σχέδια συμφιλιώσεως και συμμαχίας κατά των Τούρκων. Η θλιβερή είδηση του απροσδόκητου θανάτου του Πατριάρχου διέτρεξε ως κεραυνός εν αιθρία τον ουρανό της βυζαντινής αυτοκρατορίας. Αγιορείτες μοναχοί έσπευσαν να ζητήσουν το σκήνωμα του Πατριάρχου προκειμένου να το μεταφέρουν στο Άγιον Όρος προς ενταφιασμό, όμως η Κράλαινα Ελένη απεφάσισε να ταφεί στις Σέρρες, για να έχει η ίδια και η πόλη των Σερρών την ευλογία του. Κατά τον Ιω. Καντακουζηνό ο Οικ. Πατριάρχης Κάλλιστος τάφηκε με τιμές στο παρεκκλήσιο που βρίσκεται προσαρτημένο στη βορειοδυτική γωνία του Ναού των Αγίων Θεοδώρων, το οποίο και τιμάται στο όνομά του184. Το 1369 Μητροπολίτης Σερρών εξελέγη ο Θεοδόσιος, σέρβος κληρικός με παιδεία, ο οποίος είχε υπό την πνευματική επιστασία του και την Μητρόπολη Δράμας και Φιλίππων (1371-1390).

Η Εκκλησία των Σερρών κατά την περίοδο της τουρκοκρατίας (1383-1913).

Σημαντικές πληροφορίες για την πνευματική και κοινωνική ζωή και την οικονομική κατάσταση των κατοίκων των Σερρών του 15ου και 16ου αιώνα αντλούμε από τα οθωμανικά φορολογικά κατάστιχα. Από αυτά, εκτός των φορολογικών προσόδων που καταβάλλονται, προκύπτει ότι ο ίδιος ο μητροπολίτης, οι ιερείς του μητροπολιτικού ναού των αγίων Θεοδώρων Σερρών και οι περιουσίες που ήταν άμεσα ελεγχόμενες από τον Μητροπολίτη είχαν πλήρη απαλλαγή από τους φόρους που περιλαμβάνονται στα κατάστιχα, δεν αναφέρεται όμως αν ο Μητροπολίτης ήταν απαλλαγμένος από την καταβολή της ανεπίσημης χρηματικής προσφοράς (πεσκέσι) στις οθωμανικές αρχές για την εγκατάσταση στην μητρόπολή του. Σε κατάστιχο του 1454/55 αναφέρεται ότι οι 36 ιερείς των Σερρών ήταν απαλλαγμένοι από τον προσωπικό φόρο, τον οποίο υποχρεωτικά όμως κατέβαλλαν οι χριστιανοί κάτοικοι. Σε άλλο κατάστιχο που χρονολογείται λίγο πριν το 1510, αναφέρεται ως Μητροπολίτης Σερρών ο Κάλλιστος, ο οποίος αρχιεράτευσε από το 1493-1494, ενώ ως ιερείς του μητροπολιτικού ναού των αγίων Θεοδώρων αναφέρονται οι παπα-Αγγελικός, παπα-Θόδωρος, Ιωσήφ καλόγηρος και Συρόπουλος καλόγηρος, οι οποίοι έχουν πλήρη φοροαπαλλαγή. Σε άλλο κατάστιχο του έτους 1530 ο αριθμός των κληρικών και μοναχών της μητροπόλεως ανέρχεται σε 8.

Τα περιουσιακά στοιχεία της Μητροπόλεως Σερρών που εξαιρούνταν της φορολογήσεως από το 1454 μέχρι το 1530 βρισκόταν μέσα στην πόλη των Σερρών και σε κάποια χωριά της περιοχής. Πρόκειται για τρία καταστήματα, κήπους και περιβόλια μέσα στην πόλη, καθώς και μικρής εκτάσεως χωράφια στην γύρω περιοχή. Το συνολικό εισόδημα που προέκυπτε από την παραπάνω περιουσία της μητροπόλεως το έτος 1454/55 ανερχόταν στο ευτελές ποσό των 870 άσπρων, ενώ το 1478 ανέρχεται σε 5.435 άσπρα. Στις αρχές του 16ου αιώνα αυτό μειώνεται σε 3.750 άσπρα και στην καταγραφή του 1530 ανεβαίνει σε 4.920 άσπρα. Στο κατάστιχο του 1530 αναγράφεται ότι οι ναοί των Αρχαγγέλων και της Παναγίας Δοχειανής απαλλάσσονται της φορολογήσεως ως άμεσα προσαρτημένοι στην μητρόπολη.

Στα κατάστιχα του 1464 και 1478 αναφέρονται και οι μαχαλάδες (συνοικίες) στους οποίους διέμενε ο χριστιανικός πληθυσμός της πόλεως. Αυτοί συνήθως έφεραν την ονομασία των επαγγελματικών συντεχνιών, ενώ από τις αρχές του 16ου αιώνα την επωνυμία των πλησιόχωρων ναών. Κατ’ αυτό τον τρόπο ταυτίζεται η συνοικία – μαχαλάς με την ενορία. Στα κατάστιχα αυτά αναφέρονται οι συνοικίες με τα ονόματα των ναών Αγίου Δημητρίου, Αγίου Βασιλείου, Παναγίας Δοχειανής, Αρχιστρατήγου, Αγίου Ιωάννου και Αγίου Νικολάου στις οποίες διαβίωνε ο χριστιανικός πληθυσμός της πόλεως.

Από τα ονόματα των ναών που αναφέρονται σε κατάστιχα από τις αρχές του 16ου αιώνα μέχρι το 1530 προκύπτει ότι τότε και πιο πριν ακόμη λειτουργούσαν οι εξής 28 ιεροί ναοί εντός των Σερρών: Αγίου Γεωργίου των γουναράδων, Παναγίας της Ακαταμαχήτου, Αγίας Δοχειανής των τσουκαλάδων, Αρχιστρατήγου του Λάσκαρη, Παναγίας της Βλαχέρνας, Αγίας Παρασκευής, Αγίας Δοχειανής του Γενναδίου, Αγίας Βαρβάρας, Αγίου Κωνσταντίνου, Αγίου Νικολάου των μποσταντζήδων, Αγίων Θεοδώρων του Κάσπακα, Αγίων Θεοδώρων των βλατάδων, Αγίου Νικολάου του Παπα-Λάμπρου, Παναγίας της Επισκέψεως, Αγίας Μαρίνης, Θεοτόκου Πανυμνήτου, Σωτήρος Χριστού, Αγίου Γεωργίου του Σκεδά, Αγίου Νικολάου της εβραϊκής συνοικίας, Αγίας Κυριακής, Αγίου Δημητρίου του Χαρτοφύλακος, Αγίου Βλασίου, Αγίας Τριάδος, Αγίου Παντελεήμονος, Αγίας Φωτεινής (Φωτίδα), Παναγίας Ελεούσας, Αγίων Αποστόλων και Αρχιστρατήγου (Αρχαγγέλων). Οι 28 αυτοί ναοί δεν λειτουργούσαν όλοι σταθερά ως ενοριακοί με δικό τους ιερέα ο καθένας λόγω του ότι πολλές χριστιανικές συνοικίες είχαν λιγότερους από δέκα εγγεγραμμένους κατοίκους.

Αν η ίδρυση και η προστασία ναών στην βυζαντινή περίοδο οφείλεται κυρίως στην εύρωστη αριστοκρατική τάξη των πόλεων, στην οθωμανική περίοδο πρωτοβουλίες αυτού του είδους αναλαμβάνoυν κυρίως υψηλόβαθμα εκκλησιαστικά πρόσωπα, ή συντεχνίες της χριστιανικής κοινότητος που διαθέτουν οικονομική ευχέρεια. Από τους ναούς που αναφέρονται στο κατάστιχο του 1530 η ανέγερση του ναού της Αγίας Δοχειανής του Γενναδίου προφανώς αποτελεί δωρεά του Μητροπολίτου Σερρών Γενναδίου (ante 1510-1540). Επίσης, ο ναός του Αγίου Δημητρίου του Χαρτοφύλακος οφείλει την πατρωνία του στον αντίστοιχο οφφικίαλο της μητροπόλεως. Χορηγοί ανεγέρσεως ναών είναι και οι συντεχνίες των επαγγελματιών των Σερρών, όπως των γουναράδων, των μποσταντζήδων, των τσουκαλάδων και των βλατάδων, γεγονός που μαρτυρεί την εύρωστη οικονομία της πόλεως κατά το πρώτο τρίτο του 16ου αιώνα.

Το 1447 εξελέγη Μητροπολίτης Σερρών ο μοναχός Μακάριος, ο οποίος δεν έγινε δεκτός στη σερραϊκή κοινωνία, λόγω των φιλενωτικών απόψεών του. Ο Μακάριος μετέβη στην μονή της μετανοίας του στην Κωνσταντινούπολη, όπου και υποχρεώθηκε να υποβάλει στον ανθενωτικό ηγούμενο Ισίδωρο ομολογία πίστεως. Από έγγραφο του Οικουμενικού Πατριάρχου Συμεών πληροφορούμαστε ότι το 1486 εξελέγη Μητροπολίτης Σερρών κάποιος αγιορείτης μοναχός Μακάριος, πιθανόν άλλο πρόσωπο από τον πρώτο Μακάριο, ο οποίος τότε ήταν ήδη σε πολύ προχωρημένη ηλικία.

Για τον Μητροπολίτη Σερρών Γεννάδιο (ante 1510-1540) η πρώτη έμμεση μαρτυρία συνάγεται από πατριαρχικό γράμμα του Οικουμενικού Πατριάρχου Παχωμίου Α ́ τον Μάρτιο του 1510, με το οποίο του ανατίθεται η υποχρέωση να μεταβεί στο Άγιον Όρος, προκειμένου να επιλύσει την οικονομική διαφορά μεταξύ της Μονής Βατοπαιδίου και του πρώην πρώτου της Ιεράς Κοινότητος μοναχού Κασσιανού. Ένα μήνα αργότερα ο Σερρών Γεννάδιος μεταβαίνει στο Άγιον Όρος και συντάσσει το «Αποφασιστικόν γράμμα», γεγονός που μαρτυρεί ότι ο Γεννάδιος θα πρέπει να ήταν Μητροπολίτης Σερρών τουλάχιστον από το έτος 1509.Σε αρχειακές πηγές του Αγίου Όρους μαρτυρείται για τον Σερρών Γεννάδιο ότι τουλάχιστον άλλες τέσσερις φορές επισκέφθηκε τον ιερό Άθωνα, προκειμένου να επιλύσει οικονομικής φύσεως διαφορές μεταξύ των μονών.

Ήδη κατά το έτος 1517 θα πρέπει να θεωρούνταν διακεκριμένος ιεράρχης, καθώς υπήρξε μέλος της συνοδείας του Οικουμενικού Πατριάρχου Θεολήπτου του Α ́ στο ταξίδι του στην Βλαχία για τα εγκαίνια της Μονής Άρτζες. Τον Δεκέμβριο του 1522 ήταν αρκετά γνωστός στην πατριαρχική αυλή, ώστε μετά τον θάνατο του Οικ. Πατριάρχου Θεολήπτου Α ́ να είναι υποψήφιος για την θέση. Αν και στο τριπρόσωπο έλαβε την πρώτη θέση, τελικά εξελέγη στον πατριαρχικό θρόνο ο Μητροπολίτης Σόφιας Ιερεμίας, έστω και αν αυτός κατείχε την δεύτερη θέση στο τριπρόσωπο. Τον επόμενο χρόνο, 1523, ο Σερρών Γεννάδιος πρωτοστατεί στις ενέργειες για την εκθρόνιση του Ιερεμίου και την ανάδειξη ως Πατριάρχου του Μητροπολίτου Σωζοπόλεως Ιωαννικίου.

Οι πρώτες οικονομικής φύσεως χορηγίες του Μητροπολίτου Σερρών Γενναδίου μαρτυρούνται από το έτος 1519 κυρίως στη Μονή Μεγίστης Λαύρας, με την προσφορά πολύτιμου θυμιατού, την επιχορήγηση για την ανοικοδόμηση, επισκευή ή ιστόρηση μνημειακών οικοδομημάτων της μονής, όπως την επισκευή του πύργου του αυτοκράτορος Τσιμισκή το 1522, των τρούλλων του Καθολικού και της τράπεζας της μονής το 1526/27. Μάλιστα ο χορηγός της διακοσμήσεως Μητροπολίτης Γεννάδιος απεικονίζεται στην πρόσοψη της τράπεζας να κρατάει ομοίωμά της, πλαισιωμένος από τους προστάτες των Σερρών αγίους Θεοδώρους. Η χορηγία του αυτή αποτυπώθηκε και σε φορητή εικόνα που σωζόταν μέχρι το 1913 στο Ναό των Αγίων Θεοδώρων Σερρών. Στην ίδια μονή αφιερώνει αρχιερατικά άμφια, εγκόλπια και παναγιάριο και στο Ναό των Αγίων Θεοδώρων Σερρών αφιερώνει ζεύγος πολύτιμων εξαπτερύγων, χρυσοποίκιλτο επιτραχήλιο και πατερίτσα. Το 1528 ή 1529 αναλαμβάνει την δαπάνη για την κατασκευή του αργυρεπίχρυσου καλύμματος της εικόνος της Παναγίας Εικοσιφοινίσσης και λίγο αργότερα, το 1534, προσφέρει στην ίδια μονή τρία χειρόγραφα μηναία.

Δεν είναι γνωστό πότε πέθανε ο Μητροπολίτης Σερρών Γεννάδιος. Η τελευταία γραπτή αναφορά στον σπουδαίο αυτόν ιεράρχη των Σερρών χρονολογείται μεταξύ Ιουλίου και Νοεμβρίου του 1539, όταν παρακολουθεί τις διαδικασίες επιλύσεως της διαφοράς μεταξύ των αγιορειτικών Μονών Ιβήρων και Μεγίστης Λαύρας για την τοποθεσία του Μαγουλά.

Ο Μητροπολίτης Σερρών Αρσένιος (1541-1564) αναφέρεται σε έγγραφο του Οικουμενικού Πατριάρχου Ιερεμίου Β ́ που εκδόθηκε το έτος 1541 κατά των συγγενών του Μητροπολίτου Σερρών Γενναδίου (ante 1510-1540), οι οποίοι ζητούσαν κληρονομιά από τις δωρεές που έκανε ο Μητροπολίτης Γεννάδιος στο Ναό των Αγίων Θεοδώρων Σερρών και στη Μονή Μεγίστης Λαύρας, στην οποία είχε προσφέρει πολλά χρήματα. Μάλιστα, ο Οικουμενικός Πατριάρχης Ιερεμίας Β ́ ήλθε στις Σέρρες προκειμένου να προεδρεύσει μιας τοπικής Συνόδου στην οποία μετείχαν επτά μητροπολίτες και οι συγγενείς του Μητροπολίτου Γενναδίου, από τους οποίους ζήτησε να παύσουν να διεκδικούν χρηματικό μερίδιο από την δωρεά του μακαριστού Σερρών Γενναδίου.

Το 1593, επί Οικουμενικού Πατριάρχου Ιερεμίου Β ́, πολλοί ιεράρχες καταστάθηκαν έκπτωτοι του θρόνου τους λόγω των πολλών και δυσβάστακτων οικονομικών οφειλών τους προς το Πατριαρχείο. Το ίδιο συνέβη και κατά το 1597-98, επί τοποτηρητείας του Μελετίου Πηγά στον Πατριαρχικό θρόνο. Τον Μάρτιο ή τον Απρίλιο του 1598 ο Ματθαίος Β ́ επανήλθε στον Οικουμενικό θρόνο και επέδειξε συγκαταβατικό πνεύμα σχετικά με το υφιστάμενο πρόβλημα. Μεταξύ των εκπτώτων αρχιερέων ήταν και ο πρώην Μητροπολίτης Σερρών Θεόδουλος, ο οποίος μάλιστα, παρά το ότι είχε καθαιρεθεί, όχι μόνο συνέχιζε να ιερουργεί, να χειροτονεί και να δίδει οφφίκια, αλλά και ζήτησε από την Σύνοδο του Οικουμενικού Πατριαρχείου να τον ενημερώσει για ποιο λόγο εκλέχθηκε και χειροτονήθηκε άλλος μητροπολίτης στη θέση του. Έπειτα από αυτή την στάση του Θεοδούλου, η Πατριαρχική Σύνοδος υπό τον Πατριάρχη Ματθαίο Β ́ με απόφασή της το 1597-98 έθεσε τον Θεόδουλο σε αργία, ενώ το 1600 ο Οικουμενικός Πατριάρχης Ραφαήλ Β ́ (1603-1607) τον αφόρισε. Στη θέση του εξελέγη για βραχύ χρονικό διάστημα ο Αρσένιος,203 τον οποίο διαδέχθηκε ο Ιωάσαφ (1600-1602, 1605-1606), που και αυτός καθαιρέθηκε. Οι δύο καθηρημένοι Μητροπολίτες Σερρών Θεόδουλος και Ιωάσαφ χρέωσαν την μητρόπολη με το ποσό των 100.000 γροσίων.

Τον Μητροπολίτη Ιωάσαφ διαδέχθηκε στον θρόνο των Σερρών ο λόγιος ηγούμενος της ιεράς Μονής Εικοσιφοινίσσης Θεοφάνης Φλωράς ο Λαμπάρδης (Σεπτέμβριος 1601, ή Αύγουστος 1602-1612). Είναι χαρακτηριστικά τα όσα γράφει στη Σερραϊκή Χρονογραφία ο παπα-Συναδινός για τον Σερρών Θεοφάνη: «†,ζρι. Ἐγίνην νέος ἀρχιερεύς Σερρῶν ὁ κῦρ Θεοφάνης εἰς τήν Κοσύνιτζα ̇ ἄνδρας θεορητικός (sic), κυτηρνογένης (sic), πολιγένης (sic), μακριγένης (sic) ἕως εἰς τήν ζώσι, εὐλαβείς (sic), φιλοκλήσιος (sic), εἰς τόν λόγον του στερεός…Καί τόν ἦχαν (sic) οἱ χριστιανοί καί οἱ Τοῦρκοι εἰς πολλήν εὐλάβιαν (sic)». Ο ίδιος μας πληροφορεί ότι ο Θεοφάνης αρχιεράτευσε στις Σέρρες 11 χρόνια. Το 1612 μετατέθηκε στη Μητρόπολη Παλαιών Πατρών, την οποία ποίμανε μέχρι στις 30 Αυγούστου 1638, οπότε και παραιτήθηκε. Εκοιμήθη το 1640.

Τον Μητροπολίτη Θεοφάνη διαδέχθηκε στην Μητρόπολη Σερρών ο αγιοταφίτης αρχιμανδρίτης Δαμασκηνός (1612/13), ο οποίος σύμφωνα με τον Παπασυναδινό «ἦχεν (sic) καί καλόν βίον. Καί ἦτον ἄνθρωπος μακρηγένης (sic), μακρημάλης (sic), ἀλήθορος (sic), ἄπρακτος, ἀπλός (sic) ἄνθρωπος καί ἀκυβέρνητος».Ανέλαβε τα ποιμαντικά καθήκοντά του και στις 25 Φεβρουαρίου του 1613 συγκάλεσε σύνοδο των κληρικών, των αρχόντων και του λαού, στην οποία εξελέγησαν ομοφώνως τρεις άρχοντες για την είσπραξη των δικαιωμάτων και των εισοδημάτων της μητροπόλεως και του ναού. Στην ομολογία του προς τον Πατριάρχη Τιμόθεο, που έγινε τον Μάιο του 1614, ο Μητροπολίτης Σερρών Δαμασκηνός υποσχόταν ότι θα εξοφλούσε το χρέος των 100.000 γροσίων που είχε παραλάβει από τους προκατόχους του Ιωάσαφ και Θεοφάνη. Τον Ιούνιο του 1614 ο Οικουμενικός Πατριάρχης Τιμόθεος παραχώρησε στη Μητρόπολη Φιλίππων κάποια χωριά, έπειτα από εισήγηση του Σερρών Δαμασκηνού και του Ζιχνών Ιακώβου.

Όμως ο Μητροπολίτης Δαμασκηνός εισέπραττε και υψηλούς φόρους, επειδή ήθελε να συλλέξει έσοδα για την αποπληρωμή των χρεών προς τον Χατζή Αλή. Αποτέλεσμα αυτής της δυσβάστακτης υπερφορολόγησης ήταν να υποβληθεί εις βάρος του αναφορά στο Οικουμενικό Πατριαρχείο από τον Παπασιδέρη, τον πατέρα του σερραίου ιερέως Παπασυναδινού, και να περιορισθεί αυτή η πλεονεξία του, όπως αναφέρει ο Παπασυναδινός στην Χρονογραφία του. Στον κώδικα της Μητροπόλεως Σερρών αναγράφεται ότι στις 11 Νοεμβρίου του 1614 συνήλθε σύνοδος των κληρικών, αρχόντων και του λαού, η οποία εξέλεξε δώδεκα λαϊκά μέλη που διακρίνονταν για τον έντιμο βίο τους, τα οποία θα εκπροσωπούσα τις συντεχνίες της πόλεως και θα ήταν υπεύθυνα για τα οικονομικά της πόλεως. Ο Μητροπολίτης Δαμασκηνός αρχιεράτευσε τριάμισυ χρόνια περίπου και εκοιμήθη το 1616.

Τον Δαμασκηνό διαδέχθηκε στον θρόνο της Εκκλησίας των Σερρών ο ηγούμενος της Μονής Τιμίου Προδρόμου Σερρών Τιμόθεος (1616-1625), ο οποίος καταγόταν από την Νιγρίτα. Την εποχή αυτή ο πρώην Σερρών Ιωάσαφ επισκέπτεται την Κωνσταντινούπολη και μνημονεύεται ως πρώην Σερρών. Τον Μάιο του 1623 υπογράφει ως πρώην Μητροπολίτης Σερρών Ιωάσαφ και συμμαχεί με τον επίσης καθηρημένο πρώην Αχριδών Μητροφάνη, προκειμένου να επιτύχουν την ανάρρηση στον πατριαρχικό θρόνο του από Αμασείας Γρηγορίου, έπειτα από την απομάκρυνση του Πατριάρχου Κυρίλλου Λούκαρη. Τον Αμασείας Γρηγόριο προωθούσαν οι Ιησουίτες και η γαλλική πρεσβεία στην Κωνσταντινούπολη.

Στα τέλη του 16ου με αρχές του 17ου αιώνα τα όρια μεταξύ των Μητροπόλεων της Μακεδονίας και της Αρχιεπισκοπής Αχρίδος οριζόταν από την νοητή γραμμή Σέρβια, Βέροια, Δοϊράνη και Σέρρες. Είναι μάλλον απίθανο η Μητρόπολη Σιδηροκάστρου να υπαγόταν στην Αρχιεπισκοπή Αχρίδος, έστω και αν το κοντινό χωριό Πετρίτσι μέχρι και το έτος 1767 υπαγόταν εκκλησιαστικά στην δικαιοδοσία του Αρχιεπισκόπου Αχριδών.

Στα τέλη του 17ου αιώνα Μητροπολίτης Σερρών είναι ο Γρηγόριος, το όνομα του οποίου αναφέρεται σε συνοδικό έγγραφο του Οικουμενικού Πατριάρχου Καλλινίκου προς τον Πατριάρχη Ιεροσολύμων Δοσίθεο για το Σιναϊτικό ζήτημα.

Σημαντικές πληροφορίες για την εκκλησιαστική κατάσταση που επικρατεί κατά το πρώτο μισό του 17ου αιώνα περιγράφονται στην Χρονογραφία του σερραίου ιερέως Παπασυναδινού. Η εγκατάσταση μουσουλμανικού πληθυσμού στην περιοχή των Σερρών, οι καταπιέσεις και οι εξισλαμισμοί των κατοίκων της συνετέλεσαν στην μείωση του χριστιανικού πληθυσμού της περιοχής και στον περιορισμό των εσόδων των κατά τόπους ενοριών. Είναι χαρακτηριστική η περίπτωση του ορεινού χωριού Φλαμούρι στο όρος Βερτίσκος, κοντά στο χωριό Νέα Σεβάστεια. Το Φλαμούρι κατοικούνταν από βλάχους κατοίκους, μετά από την καταστροφή της Μοσχόπολης στα τέλη του 18ου αιώνα. Όλοι οι κάτοικοί του εξισλαμίσθηκαν κατά τα τέλη του 18ου αιώνα. Το έτος 1910 είχε 2.500 μουσουλμάνους κατοίκους.

Ο Μητροπολίτης Σερρών Γαβριήλ (1735-1745) καταγόταν από τα Βουρλά της Μικράς Ασίας. Υπήρξε σπουδαία προσωπικότητα της εποχής του και επέδειξε ενδιαφέρον για τα εκκλησιαστικά και πολιτικά ζητήματα. Σε έγγραφό του στις αρχές του 18ου αιώνα αναφέρει ότι στην δικαιοδοσία του ανήκαν τα χωριά Άνω Κρούσοβα, Βροντού, Ελαιώνας, Βεζνίκο, Αχινός, Τζερπίστα και Χουμνικό, τα οποία εν πολλοίς αποτελούν και τα γεωγραφικά όρια της μητροπόλεώς του. Στα τέλη του 18ου αιώνα καταργείται η Επισκοπή Λητής και Ρεντίνης, η οποία υπαγόταν στην Μητρόπολη Θεσσαλονίκης, και ο Σοχός, που πιθανότατα ήταν η έδρα του επισκόπου, εντάσσεται στην Μητρόπολη Σερρών, ενώ η Ρεντίνα στις αρχές του 20ού αιώνα ανήκει στην Μητρόπολη Θεσσαλονίκης. Ο Μητροπολίτης Σερρών Γαβριήλ μετατέθηκε στις Μητροπόλεις Νικομηδείας και Χαλκηδόνος, πιθανόν το 1746.

Στα μέσα του 18ου αιώνα Μητροπολίτης Σερρών είναι ο Ιωαννίκιος ο Γ ́ (1745-1761). Το 1761 διαδέχθηκε στην Μητρόπολη Χαλκηδόνος τον Μητροπολίτη της Ιωαννίκιο Καρατζά, ο οποίος εξελέγη Οικουμενικός Πατριάρχης (1761-1763). Ο Μητροπολίτης Ιωαννίκιος εκοιμήθη το 1770. Επί Μητροπολίτου Σερρών Κωνσταντίου (1791-1811) μαρτύρησε στην πόλη των Σερρών ο αγιορείτης ιερομόναχος και Νεομάρτυς Νικήτας (1808).

Ο Μητροπολίτης Σερρών Χρύσανθος (1768-1834) υπήρξε διαπρεπής ιεράρχης. Γεννήθηκε στο Γραμματικό Εδέσσης, σπούδασε στην Σχολή της Κοζάνης, στη Νάουσα και στη Θεσσαλονίκη και διετέλεσε Μητροπολίτης Βεροίας (1799-1811), προάγοντας σημαντικά την εκπαίδευση της πόλεως με οικονομική ενίσχυση για την λειτουργία των σχολείων της ελληνικής κοινότητος Βεροίας και την ίδρυση βιβλιοθήκης. Τον Ιούλιο του 1811 μετατέθηκε στην Μητρόπολη Σερρών, όπου συνέχισε το σπουδαίο εκπαιδευτικό έργο του, προσκαλώντας στην Σχολή των Σερρών τους εγκρίτους διδασκάλους ιερέα Ιγνάτιο Σκαλιώρα από τη Λειψία, Ιωάννη από τα Άγραφα, Κωνσταντίνο Μηνιάτη τον Κωτιαίο και ως σχολάρχη τον λόγιο και συγγραφέα Κωνσταντίνο- Μηνά Μινωίδη.

Το 1817 ή το 1818 μυήθηκε στην Φιλική Εταιρεία και εργάσθηκε για τους σκοπούς της. Συνδέθηκε με την οικογένεια του σερραίου αρχιστρατήγου Εμμανουήλ Παπά, προστατεύοντάς την από τον σκληρότατο Γιουσούφ Μπέη των Σερρών. Όταν ξέσπασε η εθνεγερσία του 1821 έσωσε την πόλη από τη γενική σφαγή που είχαν διατάξει οι Τούρκοι (8 Μαΐου 1821)221 και φυλακίσθηκε μαζί με εκατό προύχοντες των Σερρών. Το 1824 εξελέγη Οικουμενικός Πατριάρχης, μετά από την πρώτη ανεπιτυχή προσπάθειά του το 1822, οπότε είχε εκλεγεί στον θρόνο του Οικουμενικού Πατριαρχείου ο Μητροπολίτης Δέρκων Ιερεμίας. Ο Μητροπολίτης Χρύσανθος διετέλεσε Οικουμενικός Πατριάρχης μόλις δύο έτη, μέχρι τις 26 Σεπτεμβρίου του 1826. Εκοιμήθη στην Πρίγκηπο στις 10 Σεπτεμβρίου του 1834.

Η συμβολή της Εκκλησίας των Σερρών στην τελευταία φάση του απελευθερωτικού Μακεδονικού αγώνα στην περιοχή των Σερρών, όπως αυτή εκφράσθηκε μέσω της πατριωτικής δράσεως του Μητροπολίτου Αποστόλου Χριστοδούλου (1909-1917), υπήρξε αποφασιστική.223 Λίγα χρόνια μετά την απελευθέρωση των Σερρών (29.6.1913) και συγκεκριμένως το 1917, με την Συνέλευση της Ιεραρχίας των λεγομένων «Νέων Χωρών», αποφασίσθηκε η απόσπαση γεωγραφικών τμημάτων από τις Μητροπόλεις Σερρών και Σιδηροκάστρου και η υπαγωγή τους στην εποπτεία του Μητροπολίτου Ιερισσού.224 Στίς 6 Νοεμβρίου 1924 με απόφαση του Οικουμενικού Πατριαρχείου και προς αποκατάσταση των προσφύγων αρχιερέων, ένεκα της Μικρασιατικής καταστροφής (1922), συστάθηκε η προσωρινή Μητρόπολη Νιγρίτης, η οποία καταργήθηκε οριστικώς στις αρχές του 1935.225 Σταθμό στην τοπική εκκλησιαστική ιστορία των Σερρών απετέλεσε, μετά την απελευθέρωσή τους (29.6.1913), η κατόπιν κοινής συμφωνίας της Ελληνικής Πολιτείας, του Οικουμενικού Πατριαρχείου και της Αυτοκεφάλου Εκκλησίας της Ελλάδος (1928) υπαγωγή της Ιεράς Μητροπόλεως Σερρών, ως και των λοιπών Ιερών Μητροπόλεων των λεγομένων «Νέων Χωρών», «υπό την άμεσον διακυβέρνησιν της Αγιωτάτης Αυτοκεφάλου Εκκλησίας της Ελλάδος, επεκτεινούσης και επί των Επαρχιών τούτων εν πάσι το σύστημα διοικήσεως και την τάξιν των ιδίων αυτής Επαρχιών», «τηρουμένου του επί των Επαρχιών τούτων ανωτάτου κανονικού δικαιώματος του Αγιωτάτου Πατριαρχικού Οικουμενικού Θρόνου…».

Τον ένα περίπου αιώνα που διέρρευσε από τότε καλύπτει η θεοφιλής αρχιερατεία τεσσάρων Μητροπολιτών, των, Κωνσταντίνου Β ́ (Μεγγρέλη) (1924-1961),227 Κωνσταντίνου Γ ́ (Καρδαμένη) (1965-1984), Μαξίμου (Ξύδα) (1984 2003) και Θεολόγου (Αποστολίδη) (2003- ).

Σήμερα στην Ιερά Μητρόπολη Σερρών και Νιγρίτης υπάγονται 118 ενοριακοί ιεροί ναοί και 5 ιερές μονές (1 ανδρώα και 4 γυναικείες) και διακονούν 134 συνολικώς κληρικοί. Τα γεωγραφικά όρια της μητροπόλεως ορίζονται στα βόρεια από το δημοτικό διαμέρισμα της Άνω Βροντούς επί της οροσειράς του Μενοικίου όρους, στα δυτικά εκτείνονται μέχρι τις περιοχές του Λαχανά και του δημοτικού διαμερίσματος της Αρέθουσας, στα ανατολικά από το φυσικό όριο του ποταμού Στρυμόνα μέχρι τις εκβολές του στον ομώνυμο κόλπο και νότια από τις εκβολές του στον Στρυμονικό κόλπο και την θαλάσσια ακτογραμμή μέχρι της κωμοπόλεως των Νέων Βρασνών.